Podemos hacer que ciertos plugins no carguen si el usuario está conectado a su cuenta. También podríamos hacer lo contrario añadiendo un else al condicional.

Recuerda modificar los ejemplos del array $plugins_not_needed por los plugins que tú quieras desactivar.

/* Plugins que no se cargan para usuarios conectados */
add_filter('option_active_plugins', 'desactivar_plugins_usuarios_conectados');

function desactivar_plugins_usuarios_conectados($plugins) {
    // El gancho 'option_active_plugins' se lanza antes de que se genere info de usuario
    // por lo que hay que cargar pronto este archivo
    require(ABSPATH.WPINC.
        '/pluggable.php');
    // Si estamos conectados pero no en el area de admin de WP
    if (is_user_logged_in() & !is_admin()) {
        // Usa el slug de la carpeta del plugin y el nombre de su archivo php principal
        // como en los siguientes ejemplos
        $plugins_not_needed = array('woo-add-to-cart-popup/woo-add-to-cart-popup.php',
            'hurry-timer/hurry-timer.php', 'wp-advanced-ads-manager/wp-advanced-ads-manager.php');
        foreach($plugins_not_needed as $plugin) {
            $key = array_search($plugin, $plugins);
            if (false !== $key) {
                unset($plugins[$key]);
            }
        }
    }
    return $plugins;
}